Martin Hölzer

Makro-Foto einer Zecke auf einem grünen Blatt. Oben rechts steht „Epidemiologisches Bulletin“. In einem blauen Kasten steht: „Zwei neue FSME-Risikogebiete in Deutschland“. Unten steht „Robert Koch-Institut“.

Infografik mit Deutschlandkarte und markierten FSME-Risikogebieten. Überschrift: „FSME-Risikogebiete in Deutschland“. Rechts steht: „Für 2026 sind zwei neue Gebiete hinzugekommen: • Landkreis Nordsachsen (Sachsen) • Stadtkreis Halle (Saale) (Sachsen-Anhalt) Somit sind aktuell 185 Kreise als FSME-Risikogebiet ausgewiesen.“ Unten eine Legende: „Bisheriges Risikogebiet“, „Neues Risikogebiet“, „Kein Risikogebiet“. Unten steht „Robert Koch-Institut“.

Blauer Hintergrund mit Illustration einer Lupe. Überschrift: „Was ist FSME?“ Text: „Die Frühsommer-Meningoenzephalitis (FSME) ist eine Virusinfektion. Sie verläuft meist asymptomatisch, kann aber auch zu Entzündungen der Hirnhäute, des Gehirns und des Rückenmarks führen. Auch außerhalb der Risikogebiete treten vereinzelt Erkrankungen auf, so dass bei entsprechender Symptomatik überall in Deutschland differential-diagnostisch an FSME gedacht werden sollte.“ Unten steht „Robert Koch-Institut“. Unten rechts steht „Gibt es eine Impfung?“.

FSME-Risikogebiete breiten sich weiter aus!

Die zwei neuen #FSME-Risikogebiete in Deutschland sind:
📍Landkreis Nordsachsen in Sachsen
📍Stadtkreis Halle (Saale) in Sachsen-Anhalt

Aktualisierte Karte und weitere Informationen:
🔗 www.rki.de/DE/Aktuelles...

sourmash.readthedocs.io/en/latest/le...

It might be just a bit outdated (indices from 2024 and before) but might be fine for your student's task and RefSeq

Research article

academic.oup.com/icb/article-...

A new NAR Genomics and Bioinformatics resource introduces SquiDBase, a community repository of raw #nanopore #microbiome sequencing data, supporting open access and broader utility for bioinformatics and comparative analyses. #Genomics
📄 https://doi.org/10.1093/nargab/lqaf213
👤 EVBC: Daan Jansen

Great that this is out! Thanks for involving us and happy that we could contribute raw ONT amplicon data from Germany.

Noticed my h-index reached 30. 😯 Metrics aside, I'm deeply grateful to all collabs, students, and colleagues I’ve had the privilege to work with over years - none of this happens alone. Slowing down a bit in '26, but looking forward to diving back into science and ongoing projects later in the year.

A public health perspective of SARS-CoV-2 evolution and surveillance strategies in Germany from 2020 to 2023 - Communications Medicine Oh, Hölzer et al., discuss the multidisciplinary approach used for monitoring the genomic and virological evolution of SARS-CoV-2 during the COVID-19 pandemic and its implications on public health in ...

🦠 Wie hat sich #SARS-CoV-2 in 🇩🇪 von 2020-2023 entwickelt?

In einem großen Review von RKI-Forschenden werden virologische Grundlagen, Variantenentwicklung, klinische Aspekte und die Rolle der Genomüberwachung beleuchtet.

Fazit: Auf die Interdisziplinarität kommt es an! 🤝

➡️ doi.org/10.1038/s438...

Machine learning-supported framework for the classification of mpox infection and MVA immunization from multiplexed serology data - Nature Communications The 2022 global mpox outbreak underscored the challenge of distinguishing between monkeypox virus infection and vaccination-induced immunity due to cross-reactive antibodies. Here, the authors develop...

RKI-Team entwickelt #KI-Test, der Antikörper aus einer #Mpox-Infektion zuverlässig von der einer Impfung unterscheiden kann.

Die Unterscheidung zwischen beiden Antikörpertypen ist für die Überwachung & das Verständnis des Virus entscheidend, war bisher kaum möglich.
➡️ www.nature.com/articles/s41...

Hey, we are not involved in the platform, but we got in touch with the maintainers while publishing our data set. You can surely get in touch with them directly!

squidbase.org

(scroll down)

SquiDBase SquiDBase is an innovative platform designed to manage and share vast amounts of microbial paired squiggle-sequence data, enhancing the capabilities of researchers and scientists in pathogen…

Want an easy place to publish POD5 despite the size? Check out SquiDBase — a community platform built exactly for sharing raw microbial nanopore data + metadata. Super aligned with open, FAIR squiggle science. 🙌 squidbase.org

We really hope this nudges the field toward a norm: share your raw POD5 when possible.
FASTQ alone ages fast as basecallers improve; raw signals let others revisit old runs with new models and new questions.

Dataset highlights:

• R10.4.1 flow cells + V14 chemistry
• ~16 Gb per flow cell on avg
• 12 isolates sequenced in triplicate across 3 labs → great for reproducibility & method comparisons.

Why raw signals? Because POD5 keeps the full ion-current information beyond FASTQ.

That means you can:

• re-basecall with new models
• study nucleotide modifications / methylation
• benchmark error correction
• improve SNP & cgMLST surveillance workflows.

New paper + dataset out in Scientific Data! 🎉

We’re releasing a large multicenter Nanopore raw-signal resource for bacterial WGS genotyping & methylation analysis.

79 isolates | 6 species | ~1.4 TB raw data.

Open for reanalysis now and future basecallers.

www.nature.com/articles/s41...

Staff Scientist About EMBL-EBI EMBL’s European Bioinformatics Institute is a data powerhouse, utilised on a global scale to advance scientific discovery through bioinformatics and solutions to some of the world’s mos...

I am hiring! - looking for a Staff Scientist to co-run my research group with me. Staff Scientist is a senior professional scientist role at EMBL. Please forward to people you might know who could be interested! embl.wd103.myworkdayjobs.com/en-US/EMBL/j...

Text: Aktuelle Lage (Stand 16.9.2025) Bis Mitte September wurden 53 bestätigte Erkrankungsfälle mit Nachweis des spezifischen Ausbruchserregers, die dem Ausbruch zugeordnet werden: darunter waren 14 HUS-Fälle weitere 54 Verdachtsfälle, darunter weitere 10 HUS-Fälle insgesamt 107 Erkrankungen Der Altersmedian liegt bei nur 5 Jahren, insgesamt sind überwiegend Kinder betroffen. Viele Erkrankte waren Urlauberinnen und Urlauber in Mecklenburg-Vorpommern. Die Erkrankungsbeginne der Patientinnen und Patienten liegen zwischen dem 11. August und dem 9. September 2025. Das Nationale Referenzzentrum am RKI identifizierte den Ausbruchserreger als EHEC des Serotyps O45:H2. 💡 Das Ergebnis der integrierten genomischen Surveillance (IGS) am Nationalen Referenzzentrum (NRZ) am RKI: Alle EHEC-Isolate aus Patientenproben waren genetisch sehr ähnlich – ein klarer Hinweis auf eine gemeinsame Infektionsquelle. Bildbeschreibung Hintergrund im RKI-Stil. Eine markierte 💡-Box betont den Hinweis zur IGS. Klar strukturierte Bulletpoints mit Zahlen und Zeitangaben.

Auf der Suche nach der Quelle Die bisherigen Erkenntnisse sprechen für ein kontaminiertes Lebensmittel als wahrscheinliche Infektionsquelle. Trotz intensiver Untersuchungen ist der konkrete Auslöser aber noch nicht identifiziert. Befragungen der Erkrankten Das RKI führt mit Betroffenen und Angehörigen detaillierte, explorative Interviews, um mögliche Infektionsquellen zu ermitteln. Dabei werden unter anderem Einkaufsgewohnheiten, Essensverläufe und Aufenthalte in Mecklenburg-Vorpommern erfragt.

ext Auf der Suche nach der Quelle – bisherige Ergebnisse Bisherige Ergebnisse Kein einzelner gemeinsamer Ort wie ein Tierpark oder Streichelzoo konnte als Quelle bestätigt werden. Baden in der Ostsee oder anderen Gewässern spielt nach bisherigem Stand keine entscheidende Rolle. Ursächliche Lebensmittel konnten bisher nicht identifiziert werden. Untersuchte Lebensmittelproben zeigten bisher keinen Nachweis des Ausbruchserregers. Nächste Schritte Basierend auf den bisherigen Ermittlungen wird das RKI spezifischere Datenerhebungen durchführen. Auch die Behörden der Lebensmittelüberwachung beteiligen sich an der Suche. Weiterhin ist es Ziel, die Infektionsquelle schnellstmöglich aufzuspüren, um weitere Erkrankungen zu verhindern.

Text Empfehlungen und Zusammenarbeit Aktuelle Empfehlungen: Verbraucherinnen und Verbraucher werden angehalten, die üblichen Infektionsschutzmaßnahmen wie Hände- und Küchenhygiene einzuhalten. Labore werden gebeten, bei EHEC- und HUS-Fällen Isolate zu gewinnen und unter Angabe der DEMIS-Meldungs-ID an das Nationale Referenzzentrum (RKI Wernigerode) oder das Konsiliarlabor HUS (Universität Münster) weiterzugeben. Wir arbeiten eng mit den zuständigen Landes- und Bundesbehörden zusammen, um die Infektionsquelle zu identifizieren und den Ausbruch zu stoppen. Dazu gehören genetische Analysen der Erreger und weiterführende spezifischere Datenerhebungen.

Update zum EHEC-/HUS-Ausbruch mit Schwerpunkt in Mecklenburg-Vorpommern

Bis 16.9. wurden 107 dem Ausbruch zugeordnete Fälle gemeldet, viele bei Kindern.
Die Untersuchungen der zuständigen Landes- und Bundesbehörden zur Infektionsquelle laufen weiter.

Mehr im #EpidBull
👉 www.rki.de/DE/Aktuelles...

PhD student (m/f/d) The Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association aims to transform tomorrow’s medicine through our discoveries of today. At locations in Berlin-Buch, Berlin-Mitte, Heidelberg and Mannheim, our scientists collaborate across disciplines to unravel the complexities of disease at the systems level – from molecules and cells to organs and entire organisms. Through strong academic, clinical, and industry partnerships, as well as global networks, we translate biological insights into innovations for early detection, individualized therapies, and disease prevention.

Job offer! We have a fully funded open PhD student position at the @mdc-bimsb.bsky.social as part of @deep-dv-for5200.bsky.social, on RNA-based molecular mechanisms in herpes simplex virus 1-infected cells. Please spread the word, and DM me in case of questions.

www.mdc-berlin.de/career/jobs/...

🦟🕷️ Helft mit, Mücken & Zecken in Deutschland zu überwachen!

Beim Citizen-Science-Projekt #ZEMEKI zählt jede Beobachtung. Foto hochladen via App oder Website – in nur wenigen Sekunden.

👉 de.observation.org/species/ZEME...

#ZKIPH #RKI #CitizenScience #Zecken #Mücken #Klimawandel #ObsIdentify

Titel: „Erregersteckbrief: EHEC O45:H2“. Text: „EHEC-Stamm des Ausbruchs in Mecklenburg-Vorpommern vom Nationalen Referenzzentrum am RKI identifiziert“. Hintergrundbild: EM-Aufnahme von EHEC-Bakterien.

itel: „Was sind EHEC und HUS?“ Erklärung: EHEC sind Enterohämorrhagische Escherichia coli, die Shigatoxine bilden und Durchfallerkrankungen auslösen können. HUS, das hämolytisch-urämische Syndrom, ist eine seltene, aber schwere Komplikation, die bei einer EHEC-Infektion auftreten kann. Hinweis: Besonders gefährdet sind kleine Kinder und ältere Menschen.

Seit Ende August 2025 wird über einen EHEC-/HUS-Ausbruch in Mecklenburg-Vorpommern berichtet. Die Ausbruchsursache ist derzeit weiterhin unklar. Das RKI unterstützt das Landesamt für Gesundheit und Soziales (LAGuS) in Mecklenburg-Vorpommern bei der Beschreibung und Aufklärung des Geschehens u.a. durch ausführliche Befragungen von Erkrankten bzw. deren Eltern und Laboruntersuchungen. Das Nationale Referenzzentrum (NRZ) für Salmonellen und andere bakterielle Enteritiserreger am RKI hat nun den Ausbruchsstamm identifiziert.

Ausbruchsstamm Der Ausbruchsstamm gehört dem Serovar O45:H2 an. Dieser Stamm ist Shigatoxin Subtyp stx2a- und Intimin-(eaeA-)positiv. Der Serovar O45:H2 kommt in Deutschland selten vor. Von Januar 2015 bis Juni 2025 hat das NRZ in der genombasierten nationalen Surveillance (IGS) von klinischen EHEC/STEC (STEC = Shigatoxin-produzierende E. coli) nur 13 Stämme dieses Serovars unter 10.633 analysierten Proben detektiert, davon vier im Zusammenhang mit HUS-Erkrankungen. Diese Isolate sind mit dem derzeitigen Ausbruchsstamm genetisch nicht nah verwandt. Die Identifizierung des Ausbruchsstamms ermöglicht nun eine spezifischere Auswertung der Befragungsergebnisse und eine genaue Zuordnung von Fällen zum Ausbruchsgeschehen.

Seit Ende August 2025 wird über einen EHEC-/HUS-Ausbruch in Mecklenburg-Vorpommern berichtet. Das Nationale Referenzzentrum (NRZ) für Salmonellen und andere bakterielle Enteritis­erreger am RKI hat den Ausbruchsstamm nun identifiziert.
Erregersteckbrief und Informationen zu #EHEC:
🔗 www.rki.de/ehec

GitHub - rki-mf1/ont-methylation Contribute to rki-mf1/ont-methylation development by creating an account on GitHub.

🧬 Just released: a new update of our ONT methylation Nextflow pipeline!

Developed by Valentina, PhD student at RKI’s Genome Competence Center.

🛠️ Changes:

- Modkit envs updated
- Thresholds now optional (auto 10th percentile)
- Cleaner README

🔗 github.com/rki-mf1/ont-...

#Nextflow #Nanopore

Accurately assembling nanopore sequencing data of highly pathogenic bacteria - BMC Genomics Background Bacterial genome exploration and outbreak analysis rely heavily on robust whole-genome sequencing and bioinformatics analysis. Widely-used genomic methods, such as genotyping and detection…

Just published! 🧬

My student Valentina & I contributed to an FLI-led study on assembling ONT from pathogenic bacteria. 6.5% of ONT errors were methylation-related and could be reduced with the use of the right models.

Thanks for the great collaboration, Jena folk!

🔗 doi.org/10.1186/s128...

Influenza Die Grippewelle 2024/25 war die zweitstärkste seit 2017/18 und dauerte 16 Wochen. Besonders auffällig war eine starke Zirkulation der B-Viren der Linie Victoria, die stärkste seit 2017/18. Influenza-B-Viren der Victoria-Linie zirkulierten überwiegend auf Bevölkerungsebene sowie im ambulanten Bereich, dort insbesondere bei Schulkindern, wohingegen im stationären Bereich vor allem Influenza-A(H1N1)pdm09-Viren dominierten. Grippeimpfung Die Grippeimpfstoffe passten in dieser Saison gut zu den zirkulierenden Viren. Unter Geimpften konnten laut einer Zwischenanalyse im Februar 2025 31 % der grippebedingten Arztbesuche und 69 % der grippebedingten Krankenhauseinweisungen verhindert werden. Trotz der guten Passgenauigkeit der Impfstoffewar die Schutzwirkung eingeschränkt. Grund dafür waren vor allem die niedrigen Impfquoten. Illustration eines Arztes, der einer älteren Frau eine Impfung verabreicht. Unten: @rki.de

RSV Die RSV-Welle begann Anfang Januar 2025 und dauerte 13 Wochen. Insbesondere bei Säuglingen und älteren Erwachsenen können RSV-Infektionen schwere Verläufe und Krankenhausaufenthalte verursachen. Im Vergleich zur letzten Saison fiel die RSV-Welle 2024/25 weniger stark aus. RSV bleibt ein relevanter Erreger, vor allem für kleine Kinder und ältere Personen. Inzwischen gibt es gezielte Maßnahmen zur Verhinderung von schweren Verläufen durch RSV. Dazu gehören monoklonale Antikörper für Neugeborene und Säuglinge sowie die Impfung für ältere Erwachsene. Illustration einer Ärztin, die ein Kind untersucht. Unten: @rki.de

Rhinoviren zirkulierten das ganze Jahr über und prägten auch die Saison 2024/25. Besonders häufig wurden sie außerhalb der Grippewelle nachgewiesen. Pro Jahr hatten Kinder etwa 2,3 Rhino/Enterovirus-Erkrankungen, Erwachsene etwa 0,8. Auch bei im Krankenhaus aufgenommenen Kindern wurden Rhinoviren häufig nachgewiesen. Obwohl Rhinoviren oft mit milden Symptomen (z.B. Schnupfen) in Verbindung gebracht werden, können sie auch schwere Verläufe verursachen. Besonders betroffen sind kleine Kinder oder Menschen mit Vorerkrankungen. Illustration eines kranken Mannes im Bett. Unten: @rki.de.

SARS-CoV-2 SARS-CoV-2 zeigte erneut kein klares saisonales Muster. Ähnlich wie schon im Vorjahr kam es zu erhöhten Nachweisraten um 20 % im Spätsommer bis Herbst. Bei Kindern äußern sich COVID-19-Erkrankungen ähnlich wie andere Erkältungskrankheiten, bei Erwachsenen gehen sie noch relativ häufig mit Fieber, Kopfschmerzen, Müdigkeit und einem ausgeprägten Krankheitsgefühl einher, wenn auch nicht so häufig wie bei Grippe-Erkrankungen. Illustration zweier Personen, von denen eine mit Virensymbolen umgeben ist. Unten: @rki.de.

Virologische Surveillance akuter Atemwegserkrankungen (ARE)

Das RKI analysiert die ARE-Saison 2024/25. Die Publikationen im #EpidBull bündeln Ergebnisse zu Influenzaviren, RSV, Rhinoviren und SARS-CoV-2.

🔗 www.rki.de/DE/Aktuelles...

Prophylaxe zeigt Wirkung. RSV-Fälle bei Säuglingen halbiert.

Ergebnisse der Analyse bundesweiter Meldedaten. Nach Einführung der RSV-Prophylaxe hat sich die Zahl der RSV-Fälle bei Säuglingen mehr als halbiert. Im Winter 2024/25 lag die Inzidenz bei 1.045 Fällen pro 100.000 Säuglinge, 54 Prozent weniger als in der Saison 2023/24. Auch die RSV-bedingten Hospitalisierungen sind bei Säuglingen um 55 Prozent gesunken. Bei älteren Kindern gab es kaum Veränderungen, sie erhalten routinemäßig keine Prophylaxe. Die Ergebnisse zeigen, dass die Krankheitslast bei Säuglingen erheblich gesenkt werden konnte und schon in der ersten Saison viele Kinder wirksam geschützt wurden.

Hintergrund. RSV kann bei Säuglingen schwere Atemwegsinfektionen verursachen. Bei der RSV-Prophylaxe handelt es sich um den monoklonalen Antikörper Nirsevimab. Die STIKO empfiehlt die RSV-Prophylaxe seit Herbst 2024 für alle Neugeborenen und Säuglinge in ihrer ersten RSV-Saison, um schwere Verläufe zu verhindern.

Mehr Informationen zur Publikation im Ärzteblatt und zur RSV-Prophylaxe findet ihr hier: rki.de/rsv Etwas gelernt? Lasst uns ein Like da. Speichert es euch. Teilt es.

Dank RSV-Prophylaxe sind die Fälle bei Säuglingen stark zurückgegangen:
👶 Im Winter 2024/25 lag die Inzidenz 54 % niedriger als im Vorjahr
🏥 Hospitalisierungen sanken um 55 %

Mehr dazu in der Publikation im Ärzteblatt:
👉 www.aerzteblatt.de/search/resul...

🌍🧬 We’re hiring a Scientist (Bioinformatics) to work at the intersection of PH & genomics. The role bridges our Center for International Health Protection & Genome Competence Center in the “Health Security Partnership for Africa” project.

🔗 Apply 31 Aug www.interamt.de/koop/app/ste...

In silico genomic surveillance by CoVerage predicts and characterizes SARS-CoV-2 variants of interest - Nature Communications In this study, the authors report the CoVerage tool ( www.sarscoverage.org ) for viral genomic surveillance and show that it predicted SARS-CoV-2 Variants of Concern, of Interest and under Monitoring together with their antigenic and evolutionary alterations almost three months prior to their WHO designation.

CoVerage detects and characterizes SARS CoV 2 variants of interest by real-time lineage tracking and antigenic alteration scoring. 
#GenomicSurveillance #COVID19 #VariantPrediction
👤EVBC: Martin Hölzer, Alice McHardy
🔗

📢 New paper: Targeted decontamination of sequencing data with CLEAN

We introduce CLEAN, a reproducible pipeline for removing spike-ins, host DNA, and rRNA from short & long sequences.

💡 Fast, reproducible, scalable.

Read the paper: doi.org/10.1093/narg...
Code & docs: github.com/rki-mf1/clean

GitHub - hoelzer/dfg: A LaTeX template for a basic DFG (Deutsche Forschungsgemeinschaft, German Research Foundation) grant proposal. A LaTeX template for a basic DFG (Deutsche Forschungsgemeinschaft, German Research Foundation) grant proposal. - hoelzer/dfg

Happy that the LaTeX template I created for DFG proposals is being used! 🎉

Just heard from someone in data engineering who got funded using it (🎯 content matters most, but hey, layout helps too 😄)

See: github.com/hoelzer/dfg

Also loving the community input via PRs & issues! 💙

Proud to share our latest paper on next-gen sequencing in Greek PAD patients. This project began when Achilleas joined my lab through Erasmus — now I'm honored to serve on his PhD committee!

Continued Greek-German collaboration at its best 🇬🇷🇩🇪

www.mdpi.com/2673-5601/5/...

#Genetics #Immunology

An image showing the ARTIC and Pathoplexus logos connected by blue lines, with the text "Hiring: post-doc/software engineer" and "Global open-source pathogen tools" and "Join Swiss TPH, Work on ARTIC2 and Pathoplexus, Basel, Switzerland"

📢New job posting!📢
Are you excited by the idea of building global infrastructure to make pathogen sequencing more accessible, interpretable, and equitable? 🧑🏻‍💻🧬

My group at @swisstph.ch has an opening working with ARTIC2, @pathoplexus.org, & Loculus - read on!

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CoVerage: SARS-CoV-2 lineage, S-protein mutation, antigenic variation dynamics Impressum (DE) / Imprint (EN) Datenschutz (DE) / Data protection (EN)

🚨 New in Nature Communications!

CoVerage (sarscoverage.org) enables early in silico detection of emerging SARS-CoV-2 variants.

Led by Helmholtz Centre for Infection Research, driving innovation in genomic surveillance.

🔗 www.nature.com/articles/s41...

#GenomicSurveillance